靴のサイズに合わせてフォームソティックスを入れると、土踏まずの部分が靴底から大きくはみ出してしまう場合、外側を削るなどの対策が必要でしょうか？

対策は不要です。フォームソティックスが靴底からはみ出して見えるのは正常で、そのままで問題ありません。実際に履いてもらえば、しっかりフィットすることを確認できます。